Der Dirigent Bernhard Pfammatter belegte das Grundstudium der Musikwissenschaft und schloss Schulmusik an der Universität Bern ab. Er studierte Gesang und Chorleitung an den Konservatorien von Bern und Neuenburg. Assistenzen und Interpretationskurse bei Jörg Ewald Dähler und Ton Koopman runden seine Ausbildung ab.
Neben der "CappelAntiqua" und dem ebenfalls von ihm gegründeten "Vokalensemble NOVANTIQUA Bern" leitet er verschiedene Konzertchöre und Kantoreien. Seit 1998 ist er Gastdirigent des "Coro da Camera Italiano" in Rom. 1998 bis 2004 war er zudem Leiter der Chöre der Hochschule der Künste Bern. Seit Dezember 2022 dirigiert er den Berner Gemischten Chor.
1997 konnte Bernhard Pfammatter einen halbjährigen Studienaufenthalt am Schweizer Institut in Rom verbringen, wo er bisher unveröffentlichte Motetten und Oratorien aus römischen Quellen erforschte und transkribierte. Neben Trouvaillen und speziellen Programmzusammenstellungen, etwa in Form liturgischer Rekonstruktionen, pflegt Bernhard Pfammatter vermehrt auch das traditionelle Oratorienrepertoire. Für seine Aufführungen der Oratorien von Mendelssohn, Haydn, Händel, Telemann, Bach, Dvorak u.a. konnte er durchwegs gute Kritiken ernten. In letzter Zeit hat er sich vermehrt für neue Musik eingesetzt und leitete die Uraufführungen mehrerer Auftragskompositionen.
Von der CappellAntiqua sowie dem Vokalensemble NOVANTIQUA Bern sind, neben zahlreichen Radioaufnahmen, auch verschiedene Produktionen als Ersteinspielungen auf CD – u.a. beim renommierten Schweizer Verlag DIVOX Antiqua – erschienen. Einladungen internationaler Veranstalter wie Murten Classics, Konzerte im Zentrum Paul Klee Bern, Internationale Barocktage Stift Melk, Forum Alte Musik Zürich, Klosterkonzerte Mariastein, Concerti del Oratorio del Gonfalone Rom u.a. zeugen von der öffentlichen Anerkennung dieser Ensembles.
Seit Ende 2008 ist Bernhard Pfammatter Leiter der Vokalmusik an der Liebfrauenkirche in Zürich und somit Inhaber einer der grössten katholischen Kirchenmusikstellen der Schweiz.